Saaristo ja suojelualueet
Suojelualueet
Selkämeren kansallispuisto
Selkämeren kansallispuisto on merkittävä Itämeren suojelualue. Uusikaupunki on yksi Lounais-Suomen kahdeksasta kunnasta, jonka alueella vuonna 2011 perustettu Selkämeren kansallispuisto sijaitsee.
Kansallispuiston pinta-ala on 912 km², josta maata on 15 km². 98 % Selkämeren kansallispuistosta on veden alla.
Natura 2000-alueet
Natura 2000 -alueiden verkostolla suojellaan koko Euroopan unionissa tärkeitä luontotyyppejä ja lajeja.
Tavoitteena on luonnon monimuotoisuuden säilyttäminen. Uudenkaupungin alueelta löytyy myös Natura 2000-alueita. Esimerkiksi Pyhämaan Pamprinniemen alue on luokiteltu Natura-alueeksi.
Uudenkaupungin saaristo
Uudenkaupungin saaristovyöhykkeet ovat Selkämeren laajimpia. Kohde on tärkeä saaristolinnuston pesimäalueena ja muutonaikaisena levähdysalueena. Kasvilajisto on monipuolinen. Vekaralla ja Putsaaressa on useita valtakunnallisesti ja alueellisesti uhanalaisia kasveja (mm. noidanlukot 4 lajia). Vekaralla mänty ja kuusi muodostavat metsiköitä kauempana kummankin lajin mereisestä metsänrajasta kuin missään muualla. Putsaaressa sijaitsee valtakunnalliseen lehtojensuojeluohjelmaan kuuluva Ruonanjärven Rantalehdon hakamaan ja niityn kokonaisuus, jolla on erityistä merkitystä useiden eteläisten lehto-ja perinnebiotoopilajien pohjoisimpana esiintymispaikkana. Maisemallisesti alue muodostaa arvokkaan kokonaisuuden. Alueella kasvavat valtakunnallisesti uhanalaiset saunionoidanlukko (Botrychium matricariifolium) ja suikeanoidanlukko (Botrychium lanceolatum) sekä ahonoidanlukko
Alueen kallioperän kivilajit ovat kiilleliuske ja dioriitti. Myös emäksisiä kivilajeja ja kalkkijuonia esiintyy. Paljaat silokalliot ovat yleisiä, sillä moreenipeite on ohutta ja huuhtoutunutta. Uudenkaupungin seudun asutus- ja teollisuusjätevesistä huolimatta veden laatu ulkosaaristovyöhykkeessä on lähes luonnontilainen, mikä johtuu ilmeisesti sisäsaariston kyvystä pidättää jätevesiä. Alueen eteläosan Vekara ja Putsaari ovat luonnoltaan mielenkiintoisia saaria. Vekaran kallioperässä on emäksisiä kivilajeja. Saarissa on vanhempaa asutusta. Kajakulman saarella on pieniä makeanveden lampia, kuusimetsiä ja nummia. Uudenkaupungin saaristossa pesii monipuolinen ja runsas saaristolinnusto. Runsain laji on haahka, mutta myös riskilä ja lapintiira esiintyvät runsaina. Alue on monipuolinen. Puhtaan meren sekä pohjan rakenteen ja mataluuden ansiosta rakkolevät voivat hyvin ja muodostavat poikkeuksellisen laajoja valleja ulkosaarten rannoille. Ulkosaariston kedot ovat edustavia.